O Google recomenda configurar o Nofollow em links, cuja a qualidade, você não pode garantir.
Por exemplo, um espaço sem moderação onde é possível postar links.
De acordo com o Google, a aplicação do nofollow hoje em um link indica que ele não deve ser considerado como um voto. Contudo, um link nofollow parece ser seguido pelo GoogleBot.
Ainda de acordo com o Google, um link nofollow será levado em consideração no cálculo da distribuição de popularidade enviada a partir de uma determinada página. Usar o nofollow em um link interno seria, portanto, um pequeno desperdício de popularidade.
Tudo isso ainda precisa ser provado e testado.